故事开始于十五年前。稻村小春（田中裕子 饰）有一段非常不幸的婚姻，她的丈夫是一个不折不扣的酒鬼加暴力狂，当这个男人试图将暴力发泄在他们的三个孩子身上时，身为母亲的小春再也无法忍耐和坐视不管了，为了保护孩子们，她亲手杀死了丈夫，锒铛入狱，也就此改变了稻村一家人的命运。　　一晃眼十五年过去，稻村家的孩子们早已经长大成人。长子大树（铃木亮平 饰）重蹈了母亲失败婚姻覆辙，正在同前妻争夺女儿的监护权。次子...

拓人（佐藤健 饰）在大学时代参加了话剧社团，一心想要在舞台上做出一番建树。然而毕业后，他和大部分应届生一样，放弃了表演，穿上西装打上领带，奔赴在各大公司的面试会场之间。瑞月（有村架纯 饰）和光太郎（菅田将晖 饰）是拓人的同窗兼好友，两人曾是一对恋人后来分手，而如今的拓人依旧默默的爱慕着瑞月。瑞月的肩上背负着赡养家庭的重担，因此在找工作上格外拼命，而光太郎曾是乐队的主唱，过惯了自由散漫的生活的他如今...

　　佐仓七濑（上白石萌音饰）因偶然发生的事情与命中注定的医生相遇，并坠入爱河。5年后成为护士的她如愿以偿与医生重逢，憧憬的医生天堂浬（佐藤健饰）却与想象中的人完全不同，是名被人称为“魔王”的毒舌超抖S医生。...

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤...

明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。...

这次原创故事的时间线定在前作结局后的一年，因此在前作中因病去世的亚希子丈夫、竹野内丰饰演的宫本良一也将再次出现。亚希子再就业的一年后，时间是2019年的秋天，亚希子在大阪，美雪在东京，两人分居两地。亚希子在大型咨询公司中依然精明强干，表现出色，丝毫看不出有10年的空窗期。而成为大学生的美雪仍旧是惹人喜爱、我行我素。她的每天都在社团或是打工中度过，十分充实。另外，美雪和发小大树(井之胁海)的关系依旧...

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在一场车祸中，永井圭（佐藤健 饰）意外发现自己竟然是一名“亚人”。亚人，拥有着和人类一样的外貌，却有着惊人的自愈能力和不死之身，为了获得亚人神秘的力量，政府逮捕并监禁了现今已经发现的亚人们，包括永井圭，在他们身上进行残忍的活体实验，然而对外，政府却声称这一行为是在保护亚人。同样身为亚人的佐藤（绫野刚 饰）救出了永井圭，希望后者能够加入自己的阵营。佐藤依靠着进行恐怖活动来威胁政府，提出建立亚人自治...

　　进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 饰），还在...

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）引起了前新選组头目斋藤一（江口洋介 饰）的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）登场。寄居在神...